Cerca de la zona de la reserva Indio-Maiz, el río san Juan está lleno de raudales y zonas selváticas ricas de flora y de fauna. A la medida que el río se acerca al lugar donde finalmente desemboca en el Mar Caribe, se crea un caudal que da lugar a un delta lleno de pantanos y lagunas.

El río es navegable solo para barcos y botes de tamaño mediano. Se les dificulta el paso por los raudales y el delta a los botes más grandes, por lo que muchos que toman la esta ruta hacia el lago de Nicaragua pasan esa parte en pequeños botes. Con el curso de la historia, el paso ha sido reducido gracias a la sedimentación que ha ocurrido desde hace más de ciento cincuenta años cerca del delta.

Actualmente, hay varias rutas hacia el río San Juan desde la capital de Nicaragua, Managua. Se puede llegar desde aire, agua o tierra. Por aire, se toma una avioneta que despega en Managua, y aterriza en San Carlos 1 h más tarde; San Carlos siendo el ?puerto lacustre al comienzo del río?. Por tierra, se toma la carretera que bordea ambos grandes lagos de nicaragua hacia Acoyapa, Chontales que cuenta de ciento cincuenta kilómetros. Luego se continua por camino de tierra hasta San Carlos, lo que son otros ciento cuarenta kilómetros. La opción por agua es por barco navegando desde el puerto de Granada.

[editar] Historia

El río San Juan adoptó su primer nombre ?el Desaguadero? cuando conquistadores y colonizadores provenientes de España lo descubrieron en 1525.

Sabiendo la importancia de este río que se conectaba al lago de Nicaragua y otros ríos vecinos , los españoles controlaban este precioso río y poco después fundaron San Carlos hasta que encontraron su salida al Mar Caribe catorce años después que se había descubierto ya que no se había hecho ninguna exploración de este. Al descubrir su desembocadura en el caribe, este río sirvió mucho para el comercio entre las provincias españolas de Nicaragua, La Habana de Cuba, Cartagena de Indias y otras islas del caribe; el San Juan ya era utilizado para fines comerciales.

No solo los españoles usaban el río para sus propósitos. Piratas, filibusteros y ladrones invadían San Carlos y robaban oro, riquezas y otros objetos valiosos de Managua, León y Granada. También se llevaban a los indígenas como esclavos. Por su rivalidad en contra de los ingleses, los españoles fortificaron San Carlos a tal manera de que la mas grande de sus fortificaciones, El Castillo de la Inmaculada Concepción resistió muchas batallas. Batallas en contra de filibusteros americanos, indígenas miskitos, y la flota Británica tuvieron lugar en el rio san Juan. Después de resistir ataques, décadas más tarde, el río san Juan empezó a perder interés para otras naciones por causa de la construcción del canal de Panamá.